Covid-19

[LoLvictus]

No zrovna UK je asi jediná země z ranku šťastlivců (Itálie ještě vypadá podobně), kde se denní růst mrtvých ještě nezlomil ani nezastavil (růst nakažených už ano). Podle vývoje v dalších zemích tomu dávám tak týden.

Mezitím ve Velké Británii (kde prý také vraždí obyvatele jako v USA a u nás), přírůstky nakažených už týden klesají, po delší stagnaci, a stejně tak klesá i přírůstek mrtvých.
V Itálii přírůstky nakažených také klesají po nějakých 2 týdnech stagnace, a přírůstky mrtvých zřejmě kulminují.
Švédsko a Irsko, s různými formami opatření už druhou vlnou prošly a počty úmrtí jsou minimální vůči první vlně. Ve Švédsku počet nakažených viditelně laguje za počtem mrtvých. Ano, čtete správně - přírůstky mrtvých začly klesat dříve (cca 10.11.), než přírůstky nakažených (cca 14.11.). Mrtví na milion jsou 603.
Irsko je pak také zcela speciální. Sotva lze na grafu úmrtí v druhé vlně něco vidět. A jsem zvědav, jak to tu někdo vysvětlí (ale tipuji, že přijde argument "opatření zafungovala", jakkoliv jinde ta stejná i přísnější nezafungovala, a těmi 400 mrtvými na milion z první vlny se nenecháme rušit).
Jinak žádné velké změny nejsou u Francie (754 m/M), Nizozemí (522m/M) a Belgie (1345 m/M) - počty nakažených jsou už několik týdnů na sestupu, počty mrtvých v 1-2 týdenním závěsu.
Překvapivě dost blbě je na tom Španělsko (922 m/M), kde sice přírustky nakažených už delší dobu klesají, ale přírůstky mrtvých se vytrvale zvyšují (a ta rovnoměrnost až lineárnost toho růstu mě zaráží).

Na straně evropských opozdilců, se také i přes různé typy opatření, daří s větší či menší úspěšností vraždit obyvatele. Daří se jim dohánět západní Evropu v počtu mrtvých na milion obyvatel, a raketovou křivku zvládli vyprodukovat také všichni.
Polsko (364 m/M - prý však počty mrtvých tutlá), Maďarsko (403 m/M), Rumunsko (530 m/M), Severní Makedonie (742 m/M) či Slovinsko (528 m/M), atd., atp. celá východní Evropa (čest bratiam, ti vraždí jen hodně málo).
Speciální případ je pak Ukrajina (254 m/M), ta startuje svoji raketu nejspíš až na oběžnou dráhu.

Naprostým vítězem v Evropě, bez ironie se jeví být Norsko. Počty nakažených šly v druhé vlně nahoru celkem rapidně, ale už zase déle klesají a hlavně počty mrtvých byly zanedbatelné i vůči první vlně. Kéž by každý mohl být jako oni.


A pak ještě nějaké zprávičky ze světa a z domova:
Tady ve studii ověřili, že imunita po covidu trvá minimálně 6 měsíců u naprosté většiny sledovaných zdravotníků, co ho prodělali.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101 ... 20234369v1
Tady v italské studii zaznamenali protilátky na SARS-CoV-2 v krvi dárců už v září 2019. A vůbec je to zajímavé čtení z hlediska prvotního rozšíření a k úvahám o rychlosti šíření.
https://journals.sagepub.com/doi/full/1 ... 1620974755
Tady ty příčiny smrti s Covidem (72 %) a na Covid (19 %), a prokazatelně bez vlivu Covidu (9 %) z prvního pololetí (N 407).
https://www.seznamzpravy.cz/clanek/muze ... .seznam.cz
Pokud tento poměr zůstane zachován (těch 8000 total dělá 1,5tis. přímo na Covid), tak uznávám, že to je nebezpečnější onemocnění než chřipka (tam blahé paměti někdo vyšťáral 100 přímo na chřipku ročně + se uvádí 1500-2000 v důsledku chřipky). Takže mrtvých bude sice jednorázově ekvivalent 4 - 5 let chřipky, ale zase šance, že vás skolí Covid samotný je 4krát větší.
Nicméně řekl bych, že se to ještě posune:

Dušek rovněž zdůraznil, že analýza není směrodatná pro druhé pololetí, kdy se infekce rozšířila v obyvatelstvu mnohem více.
„Bude se to částečně lišit,“ uvedl šéf ÚZIS. Poukázal na to, že nemoc nyní častěji postihuje lidi v seniorním věku a průměrný věk úmrtí se posunul na zhruba 80 let.

Jo, protože v 80ti má člověk celý život před sebou. (pro nejisté - střední délka života je v ČR 76 pro muže, a 82 pro ženy)

[Eleshar_Vermillion]

https://journals.sagepub.com/doi/full/1 ... 1620974755

A second study by Harvard University showed a relevant increase of hospital traffic in the Wuhan region, evaluated by satellite imagery, and COVID-19 symptoms–related queries in search engines, since autumn 2019.

Ta metodologie je fascinující Doufám, že až se implementuje vakcína a situace se uklidní, bude čas a vůle na nějaké zúčtování s Čínou.

[Vallun]

Eleshar - tak to jsme dva. Pokud tedy Čína dříve nezkusí zúčtovat s náma...

[OnGe]

Jak byste si to zúčtování představovali? Rozdupete svůj mobil od Huaweie, nebo se tam rovnou vylodíme?

[Vallun]

OnGe - začal bych párem GBU-57 C na Tři soutězky...

Jinak víte, proč se vládní PES jmenuje PES?
Protože měl zastrašit Flégrova Micíka...jako vážně.

[Fritzs]

Ta metodologie je fascinující Doufám, že až se implementuje vakcína a situace se uklidní, bude čas a vůle na nějaké zúčtování s Čínou.

Podle vzoru Jacka Londona?

[OnGe]

začal bych párem GBU-57 C na Tři soutězky...

To půjde těžko. Krámy jsou zavřený a tohle ti Zásilkovna nedoveze.

Jinak víte, proč se vládní PES jmenuje PES?

ProtiEpidemický Systém

[Eleshar_Vermillion]

Netuším, co umožňuje mezinárodní právo - osobně bych si představoval něco jako mezinárodní tribunál. Čína to samozřejmě odmítne, ale mohlo by to na ně platit, protože to podrývá prestiž současného režimu, což je nejlepší způsob, jak v Číně může režim přijít o moc.

[Vallun]

VC Konzumu

[Faskal]

K tomu skoku v grafech odkazuji na jednoho z autorů PSA:

Skóre PSA kleslo díky změně metodiky a náhodě.
Jan Kulveit

Myslím, že je fair říci

1. Změnu se mnou nikdo předem nekonzultoval, podle mých informací to rozhodl Centrální řídící tým v pátek a ÚZIS implementoval o víkendu. Myslím, že je nevhodné jakékoli změny metodiky dělat tímto způsobem.

V tuhle chvíli by bylo poměrně pohodlné dát od toho ruce pryč a dál to neřešit.

2. S trochou odstupu ...z toho co zatím vidím mi to nepřijde mi to jako zásadní velká změna metodiky a motivaci mít stejné číslo pro PES a podle mezinárodní metodiky je legitimní důvod. Současná změna pokud vím nezahrnuje přímé přidání antigen testů. Pokud ECDC dál změní metodiku výpočtu pozitivity tak, že se do pozitivity i počtu testů ve velkém antigeny počítat začnou, je zjevné, že tabulky rizika bude potřeba změnit - tabulka opatření a i tabulka výpočtu rizika je zkalibrovaná na PCR testy a bude ji nutné překalibrovat. (Zároveň antigen testy jsou dobrá zpráva!)

3. I s onou pondělní změnou metodiky index vyšel na 57 bodů a úroveň 3 náhodou, o méně než jednu desetitisícinu (nová pozitivita byla 0.229951725, pro posun do vyššího pásma by asi stačil jeden pozitivní test navíc?). Větší změnu než metodika způsobí například to, že část parametrů je ovlivněná státním svátkem minulý týden - víme, že ve svátek se méně testuje a všechna měření to nějak rozhodí.

4. Bylo by absurdní na tomto základě překotně rozvolňovat. Změny stupně přesně na hranici o pár testů nebo o změnu metodiky nejsou nic, co by nám podávalo zprávu o skutečné změně situace. Podobně jako pacient s naměřenou teplotou 37.995 není v nějak znatelně lepším stavu než pacient s horečkou 38.005 stupně.

Jediná příčetná expertní interpretace je, že index rizika je celostátně kolem 60, což podle platné tabulky PES prostě je na hranici úrovní 3 a 4, a pomalu to klesá. Toto platí podle staré i podle změněné metodiky.

Je zjevné, že v mnoha krajích je to jasně 4, někde spíš k 5, a není vhodné překotně změnit opatření na úroveň 3.

5. Navíc by se nemělo porušovat pravidlo že k hodnocení stability nového stavu je třeba týden počkat, nebo týdenní periodicita hodnocení ve středu.

Pro zdraví ekonomiky, lidí i klidné Vánoce je potřeba počkat na jasnější pokles všude.

https://boundedlyrational.substack.com/ ... n-metodiky

[Vallun]

To zní rozumně...ale rozvolňovat se bude a je jen otázka zda "třetí vlna" přijde už před vánocema nebo až po nich...

[MarkyParky]

Ono až se dneska a zítra objeví realita + resty z minulého týdne, tak PES zaštěká a

* buďto stupeň 3 nebude,
* nebo uvidíme od politiků ohýbání reality mnohem většího kalibru.

[OnGe]

Taky možná stojí připomenout, že PES vzniknul aby v tom byl nějaký pořádek a ne každej den jinej pes, jak tomu bylo doposud. Asi to nějak nezabralo.

[Faskal]

https://journals.sagepub.com/doi/full/1 ... 1620974755

A second study by Harvard University showed a relevant increase of hospital traffic in the Wuhan region, evaluated by satellite imagery, and COVID-19 symptoms–related queries in search engines, since autumn 2019.

Ta metodologie je fascinující Doufám, že až se implementuje vakcína a situace se uklidní, bude čas a vůle na nějaké zúčtování s Čínou.

Zásadní problém této studie je, že není schopna rozlišit, jestli se jedná o protilátky proti SARS-CoV-2 nebo protilátky s SARS-CoV-2 zkříženě reagující. Když se na ni podívám podrobněji...

"SARS-CoV-2 RBD-specific antibodies were detected in 111 of 959 (11.6%) individuals, starting from September 2019 (14%), with a cluster of positive cases (>30%) in the second week of February 2020 and the highest number (53.2%) in Lombardy."
=> tohle znamená, že Covid je schopný promořit přinejmenším až do hladiny 50+% (dle ministersta až 56 %) populace s protilátkami rozeznávajícími tuto nemoc. Vzhledem k tomu, že ve zbytku světa je promořenost kolem procent, max několika málo desítek procent, je Invictovo vyhlížení, kdy dojdou náchylní jedinci, v principu správné, ale spíše předčasné a za pozorovaný efekt snížení smrtonosnosti budou zodpovědné z větší části jiné vlivy (jako epidemiologická opatření).

"Finding SARS-CoV-2 antibodies in asymptomatic people before the COVID-19 outbreak in Italy may reshape the history of pandemic."
=> může a taky nemusí. Dokud nenajdou vzorek viru z té doby a neosekvenují jej, je možné, že jenom zachytili vlnu koronavirové rýmy, která do jisté míry vyvolává zkříženou reaktivitu (pravděpodobně ale ne imunitu) se SARS-CoV-2.

" However, the rapid spread, the large number of patients requiring hospital admission and treatment in intensive care units, as well as the duration of the pandemic suggest that the arrival of the virus and its circulation in Italy in a less symptomatic form could be anticipated by several months."
=> alternativně je rychlý nástup vysvětlitelný velkou schopností viru se šířit a méně symptomatická forma byla podzimní rýma. Ostatně celá studie je založená na jediném přístupu, a to hledání (zkřížené) protilátkové reaktivity. Jinak tam citují, že ve Francii byl jeden případ o měsíc dříve, než byl nalezen první oficiální případ, což doložili pomocí RT-PCR. Tohle je validní postup, jak tuto otázku zodpovědět, protože RT-PCR jsou designovány, aby jiné koronaviry nerozpoznávaly, což testy založené na protilátkách dělat mohou. Když touto metodou testovali ve Švýcarsku* "between November 2019 and March 2020", tak žádný SARS-CoV-2 u pacientů se zápalem plic nenašli, což je ovšem méně mediálně zajímavé. Podobný způsob v Itálii použili při hledání viru ve splašcích, kde ho našli**: "The earliest dates back to 18 December 2019 in Milan and Turin and 29 January 2020 in Bologna.", což ukazuje, že tam zřejmě byl o něco dříve než je první oficiální výsledek, ale ne o moc.

"Moreover, a phylogenetic analysis of the SARS-CoV-2 genomes isolated from 3 Lombardy patients involved in the first COVID-19 outbreak suggests that the common origin of the strains dates back several weeks before the first cases of COVID-19 pneumonia reported in China"
=> citovaný odkaz*** ukazuje, že tito pacienti mají vir odpovídající německému z podobné doby, který byl vytrasován k Šanghajské obchodnici, byť ta byla testována jako pozitivní až po návratu do Číny. Tyto výsledky ukazují poměrně očekávanou věc, a to, že byl virus přinesen z Číny vícekrát (byť teda ze sekvencí samotných podle studie není možné určit směr šíření, což už je v lednu nezajímavé). Mimochodem, vypadá to, že první doložitelné případy Covid-19 přišly do Itálie z Německa.
Taky je potřeba dodat, že s odstupem se ukázaly ještě (pravděpodobné?) dřívější případy z Číny, takže ta citace je nepřesná.

Ta studie za mě teda technicky nic moc. Hlavně tam necitují spoustu literatury, co by citovat mohli, třeba tam píší, že nikdo retrospektivně nezkoumal výskyt protilátek proti SARS-CoV-2, přitom literatura na tomto poli začíná být poměrně bohatá, sám jsem tady pár článků citoval. Ani tam nediskutují problém zkřížené reaktivity.
Na druhou stranu je to zajímavý problém, který by byl možný rozlousknout tím přístupem, jako použili ve Švýcarsku, ideálně s doplněním sekvenace viru, což by dodalo i další informace o jeho původu.

* https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32682947/
** https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32835962/
*** https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jmv.25794

[MarkyParky]

Jo takhle, tak to pak jo.

Pak dej vědět, jak to vyšlo.

Druhý zlom trendu mrtvol je za námi. Stejně jako první byl 13 dnů po zlomu v růstu detekovaných pozitivních +/- den, dva.