Covid-19

[OnGe]

Praha nemusí mít všeho nejvíc, nebuďte tak pragocentričtí.

[LoLvictus]

No, hlavně je vtipné, jak vnitřní světonázorové přesvědčení obvykle přesáhne úplně všechno, jakkoli se to nazývá "vědou", "logikou", racionálními argumenty" a tak všelijak.
Bez ohledu na to, jaký měl být a je vývoj covidové křivky, bylo triviální předvídat, co k tomu jednotliví diskutující řeknou.

Škoda, žes to nepředpověděl, aspoň bysme mohli vidět, jak to bylo triviální.
Taky je vtipné, jak tyhle ty implicitní ad hominem (protože jsou kdo jsou, tak co píšou je samozřejmě nesmysl) nedoprovází žádný věcný argument, ale tak to asi z definice:

Typically this term refers to a rhetorical strategy where the speaker attacks the character, motive, or some other attribute of the person making an argument rather than attacking the substance of the argument itself. This avoids genuine debate by creating a diversion to some irrelevant but often highly charged issue.

Sosáček to aspoň doplnil argumentem autoritou, holt léta praxe jsou znát.

[Faskal]

K tomu Flegrovi a predikcím...

Narazil jsem na odkaz na velmi ilustrativní model ledovce na jednom blogu*, který doporučuji pročíst, a během procházení jsem si řekl, že bych se ještě měl vyjádřit k nedávné diskuzi v tomto kontextu.

Naše schopnost testovat ukazuje, jak velkou část ledovce vidíme. Vyšší testování nevytváří uměle vyšší počet nakažených, hladina testování ukazuje, jak velkou část ledovce vidíme. Pokud testujeme málo, vidíme pouze špičku těžkých případů, pokud hodně, postupně odkrýváme i lehčí a asymptomatické případy.

Toto je poměrně triviální úvaha, tento model nicméně umožňuje pochopit některé neintuitivní problémy.

Za mě to bylo příjemné překvapení, protože to znamená, že mrtvolky mají "jen" týden zpoždění za detekcí nakažených

Model ledovce ukazuje některé kontraintuitivní vlastnosti současné epidemie.
Prodloužená prodleva v druhé vlně mezi detekováním nákazy a mrtvými je dobré znamení, protože značí, že rozvinuté země dokázaly testovat relativně dobře a podchytávat poměrně rychle poměrně velké procento nakažených. V našem případě nám někdy od prvního září naprosto a šílenou rychlostí ujel vlak schopnosti dostatečně testovat. Kvůli tomu vidíme kratší rozestup mezi růstem detekovaných nakažených a růstem úmrtí, protože je odchytáváme příliš pozdě. Za mě Markyho zjištění není příjemné, ale nepříjemné; nepoznám, nakolik byl jeho vstup ironický.
Protočili jsme to úplně na začátku; pokud se testují především těžké případy, protože je odchytáváme podle klinických příznaků, jsou dlouhé prodlevy efektů opatření na pozorovaný počet nových případů a kratší prodlevy mezi detekcí a úmrtím, zatímco pokud se efektivně trasuje, jsou vůči nově detekovaným krátké prodlevy efektů nových opatření a dlouhé prodlevy od úmrtí. Premianty jsou na tomto poli na Novém Zélandu, kde jsou schopni vytrasovat nakaženého v průměru 2,7 dní předtím, že se u něj vyvinou příznaky**.

Spousta komentátorů zde i jinde po internetech se pozastavovala, jak je možné, že v řadě zemí roste počet případů, ale neroste počet úmrtí, v lepším případě proto, že se jedná o šíleně neintuitivní problém, v horším případě s komentářem, že Covid je "casedemic" vyvolaná testováním. Větší testování (ve srovnání s první vlnou) mělo za efekt nejenom větší relativní počet zaznamenaných případů včetně mírných průběhů a asymptomatických jedinců, ale i větší rozestup mezi detekcí případu a úmrtím, což prodloužilo zpoždění.

Tady jsou pro ilustraci výsledky z UK grabnuté z Worldmeter. Je tam vidět, že v první vlně na sebe nové případy a nová úmrtí navazují, v druhé vlně je vidět znatelná prodleva vyplývající z výše uvedených důvodů.

Odhady očekávaného počtu úmrtí, které prováděl Flegr, závisí na správném odhadu reprodukčního čísla infekce a předpokládají konstantní smrtnost. Flegr v nich neuvažoval efekt zavedení našeho "měkkého" lockdownu, soudím, že částečně proto, že nevěřil, že zafunguje. Pro vážně myšlené modelování průběhu epidemie je potřeba je započítat, tento model však tyto ambice neměl.
Jak si tak vybavuji rozhovor s ním, říkal, že určitý počet už je nakažený a ti už umřou, ať budeme dělat, co budeme dělat. Podle grafu to vypadalo, že je nevyhnutelné, že přesáhneme 1000 úmrtí za den, přesto jsme 1000 úmrtí za den nedosáhli, což zdánlivě jeho predikci vyvrací.
Je však nutné si uvědomit, že toto platí za předpokladu, že setrvá konstantní nárůst nakažených a přírůstek nově nakažených vyhladí šum způsobený tím, že úmrtí nakažených je rozložené v čase. Při výpočtu reprodukčního čísla viru z počtu zemřelých podobně jako u výpočtu reprodukčního čísla z počtu nakažených paradoxně nepotřebujeme pro relativně přesný výpočet přesná data, stačí, abychom při měření dělali stále stejnou chybu, respektive vlastnosti nemoci zůstávaly konstantní (smrtnost kolísá dle kvality lékařské péče). Pokud nastane náhle nějaká překotná změna, získáme hausnumero.
Abych to nějak ilustroval, tady jsou data z Korejské studie*** (první, na kterou jsem na toto téma narazil), která ukazuje, jak dlouho od diagnózy trvalo k vyléčení nebo úmrtí daného pacienta. Výsledek ukazuje dvě věci:

jednak je tam při porovnání levého a pravého setu vidět, že vyléčit se trvá podstatně déle než zemřít, což jsme debatovali s Argem. Argonantus ping.

jednak je vpravo vidět, že úmrtí jednotlivců jsou rozložená v čase. Pokud jich stále přibývá, tak se na křivce přírůstky z jednotlivých dnů zprůměrují a křivku vyhladí, pokud ale zaberou opatření, tak už neumře navzdory "nevyhnutelné" predikci na vrcholu tisíc mrtvých v jeden den, ale ten poslední predikovaný tisíc (a jejich okolí) už se rozloží v čase. Jejich suma je tedy predikovaná správně, maximální denní přírůstek už ne.

* https://virologydownunder.com/more-test ... e-iceberg/
** https://www.thelancet.com/journals/lanp ... 1/fulltext

[Vallun]

Aha...a teď lidsky - Flégrova předpověď nevyšla proto, že testujeme tak špatně/jinak než předpokládal, že predikci ani udělat nešlo?

Ten obrázek má ukazovat i to, že je méně lehkých než střendích případů?

Každopádně, Flégr nepředložil teorii, ale predikci a ta nevyšla, tohle jsou fakt už jen omluvy...

[Sosacek]

Ten posledni graf poznavam, to je z Rka

[Faskal]

Předpověď mu naopak vyšla do písmenka, a to do data, které určil nahoře Marky. Pokud někoho ve vládě tento model přiměl přijmout opatření, která jsme přijali, a která způsobila, že jsme dále trend nenásledovali, tak model posloužil perfektně. S tou douškou, že poslední přírůstky se musí počítat jinak, protože opatření hodí vidle nejenom do růstu, ale i do rozprostření posledních případů. Celá pointa jeho modelu je, jaký trend sledujeme, a jak se budeme vyvíjet, pokud z toho trendu nevyskočíme.

Co Flegr netrefil, je, kdy z trendu vyskočíme, a jak jsem psal nahoře, podle mého názoru proto, že nevěřil, že částečný lockdown bude dostatečný ke zlomu šíření. Já s ním souhlasím v tom, že naše strategie byla příšerně neefektivní.

Ve vědě tomu, co jsem psal nahoře, a co je nezbytnou součástí vědeckého výstupu, říkáme diskuze, ne "fakt jen omluvy", lol.

[Vallun]

Předpověď mu naopak vyšla do písmenka, a to do data, které určil nahoře Marky.

Sorry, zcela irelevantní, částečný úspěch u predikce neexistuje. Predikce buď vyjde nebo nevyjde. Jeho predikcí bylo datum, kdy bude denně tisíc mrtvých, a to nejspíš mít nebude...

Pokud si byl vědom možnosti, že opatření na to budou mít vliv, mohl a měl to v grafu vyznačit. Nevyznačil nic...

Ve vědě tomu, co jsem psal nahoře, a co je nezbytnou součástí vědeckého výstupu, říkáme diskuze, ne "fakt jen omluvy", lol.

To je sice možné, ale dost nezajímavé. Pokud měla predikce nějaké limity či podmínky, tak je měl sakra uvést - to je odpovědný a poctivý vědecký přístup. Takhle je za blba nejen on, ale i všichni, co se jej zastávali...

Kdyby to předložil jako znalecký posudek, tak mu to nikdo nezaplatí...

[MarkyParky]

Faksal:
Ten optimismus byl upřímný, protože mi nedošlo, že se křivka mohla vyhazovat "předčasně" zemřelými, co zastoupí "pozdě zemřelé".

Takže jsem si radostně říkal, že je fajn, že zpoždění není tak velké a křivka se zaoblí dřív a absolutní čísla budou nižší.

Naopak efektu nedostatečného testování jsem si vědom - viz výše - a všude píšu "nejméně týden, ale ne víc než měsíc". Přesněji to teď nedokážu určit.

Resp. přesněji to půjde určit, až se křivka s jakou klesají mrtví zlomí podruhé. Nejdříve to bude pozítří - a pokud se tak stane, tak je to zpoždění týden a efekt pozdějších úmrtí bude slabý.

Naopak s každým dalším dnem, kdy se trend umírajících nezpomalí bude působit přesně efekt nedostatečného testování.

EDIT: Můj tip od boku je tak 5-7 dnů navíc.

[Faskal]

Jo takhle, tak to pak jo.

Pak dej vědět, jak to vyšlo.

[Log 1=0]

Ve vědě tomu, co jsem psal nahoře, a co je nezbytnou součástí vědeckého výstupu, říkáme diskuze, ne "fakt jen omluvy", lol.

To je sice možné, ale dost nezajímavé. Pokud měla predikce nějaké limity či podmínky, tak je měl sakra uvést - to je odpovědný a poctivý vědecký přístup. Takhle je za blba nejen on, ale i všichni, co se jej zastávali...

Kdyby to předložil jako znalecký posudek, tak mu to nikdo nezaplatí...

Za co se platí u znaleckých posudků nevím (neodpustím si sarkastickou poznámku, že občas za výsledky, které platící chce), ale u vědy má Faskal (samozřejmě) pravdu, a rozhodně to není nezajímavé.

Máš pravdu v tom, že když publikace teoretické předpovědi předchází publikaci výstupů experimentu, má se už v první publikaci provést částečná diskuse, která zaznamená potenciální faktory a okolnosti, které mohou výsledek změnit.

Ale to neznamená, že se po experimentu ta diskuse nemá udělat. Výstup "Nesedí to." je k... nezajímavý. Zajímavé je zvážit pravděpodobnost toho, že:
Samotné jádro hypotézy je blbě.
Experiment se nezdařil (ano, to se také diskutuje - v tomto případě je ale taková pravděpodobnost velmi malá).
Byly opomenuty faktory X, Y, či Z.
Byly špatně určeny parametry a, b nebo c.

Cílem vědeckého experimentu či měření totiž není udělat či neudělat z teoretika blba, že mu předpověď ne/vyšla, ale zjistit reálný stav věcí. A k tomu je takováto diskuse velmi užitečná, zvláště je li výstupem predikce pro nový experiment.

[Vallun]

Za co se platí u znaleckých posudků nevím (neodpustím si sarkastickou poznámku, že občas za výsledky, které platící chce), ale u vědy má Faskal (samozřejmě) pravdu, a rozhodně to není nezajímavé.

Kéž bych s Tebou mohl nesouhlasit...
Já to ale myslel z hlediska správního orgánu nebo soudu, které požaduji objektivní posudky (právě aby mohly vyvrátit posudky přdložené stranamy...).

Máš pravdu v tom, že když publikace teoretické předpovědi předchází publikaci výstupů experimentu, má se už v první publikaci provést částečná diskuse, která zaznamená potenciální faktory a okolnosti, které mohou výsledek změnit.

Nesedí mi ten pojem diskuse v tomto smyslu, ale chápu to...
Když bys předpověď publikoval až poté, co budou znjámy skutečné výsledky, není to tak docela předpověď, že?:)
Smyslem predikce je na základě dostupných poznatků ukázat, co se nejspíše stane. Problémt ady je, že Flégr mluvil tak, jako kdyby to už bylo neodvratné, tzn. prostoru pro diskusi moc neudělal:(

Ale to neznamená, že se po experimentu ta diskuse nemá udělat. Výstup "Nesedí to." je k... nezajímavý. Zajímavé je zvážit pravděpodobnost toho, že:
Samotné jádro hypotézy je blbě.
Experiment se nezdařil (ano, to se také diskutuje - v tomto případě je ale taková pravděpodobnost velmi malá).
Byly opomenuty faktory X, Y, či Z.
Byly špatně určeny parametry a, b nebo c.

Samozřejmě, že to má smysl dělat, to je jasné. Ale nic to nemění na tom, že predikce nevyšla, což je problém...

Cílem vědeckého experimentu či měření totiž není udělat či neudělat z teoretika blba, že mu předpověď ne/vyšla, ale zjistit reálný stav věcí. A k tomu je takováto diskuse velmi užitečná, zvláště je li výstupem predikce pro nový experiment.

Tady ale nejde o experiment, ale o realitu a ta predikce má sloužit k tomu, abych přijal adeokvtání opatření a abych věděl, na co se připravit. Z tohoto hlediska je věc v podstatě binární - předpověď buď má pravdu, nebo nemá...

[Klimbing]

Tady ale nejde o experiment, ale o realitu a ta predikce má sloužit k tomu, abych přijal adeokvtání opatření a abych věděl, na co se připravit. Z tohoto hlediska je věc v podstatě binární - předpověď buď má pravdu, nebo nemá...

Flégrovu predikci ale není rozumné brát jako podklad pro adekvátní opatření - k tomu, hádám, nikdy sloužit neměla. Flégr jen vzal nejjednodušší možný model epidemie (exponenciální průběh) a proložil přímku (na logaritmické škále) dostupnými daty. Opatření by měla být založena na podstatně propracovanějších modelech.
Exponenciální model platí zejména na začátku šíření v naivní homogenní populaci a tudíž je celkem nepřekvapivé, že dříve nebo později se začnou jeho předpovědi dosti lišit od reality (tzn. k žádnému překvapivému vyvrácení hypotézy nedochází). Zjevně se tak stalo dříve, než Flégr očekával. Jistým varováním mohlo být to, že ten jednoduchý model ani nesrovnával s modely složitějšími, takže předpoklad, že jsme ve fázi, kdy všechno jede ještě exponenciálně nebyl ničím příliš podložený (dosavadními daty, ovšem ta mohla být v souladu i s jinými očekávatelnými scénáři).

[MarkyParky]

Flegr hlavně není žádná hardcore věda. Je to jednoduchý model, jehož předností je názornost.

Hlavní přínos/pointa jeho diskutované facebookového postu je, že buďto někde sebral nápad nebo přímo jeho napadlo vynést mrtvoly na graf a logaritmickou škálou. Což umožnilo spoustě lidí pochopit, co se děje a co hrozí bez fungujících opatření. V tom byl obrovský přínos.

Z exponenciely vynesené na lineární škálu to poznat tak intuitivně není.

Naprosto souhlasím s Faskalem, že při tom podcenil efekt opatření, která již byla uvedena v chod - nejspíš je považoval za nefunkční... Tohle samotné mu za zlé nemám, ale mám mu za zlé, že své vyjádření nekorigoval, když o týden později bylo jasné, že opatření mají efekt.

Mám mu to za zlé ze dvou důvodů:
- poskytl tím zbytečně munici těm, kterým kognitivní dizonance zabraňuje pochopit původní myšlenku, protože si nedokáží připustit, že by čísla mohla být tak obrovská.
- a hlavně promarnil obrovskou příležitost - kdyby se svou publicitou ukázal, jak se epidemie díky opatření zpomalila, že na té logaritmické škále se to projeví sklopením přímky, ale hrozná čísla se tím jen oddálí a je v pořádku utahovat dál, tak by dost pomohl jak všeobecnému pochopení toho, co se děje dál, tak udržel kredibilitu.

Takhle ztratil lidi, co byli na pochybách a IMHO dokonale smáznul tu předchozí zásluhu.

[Vallun]

Flégrovu predikci ale není rozumné brát jako podklad pro adekvátní opatření - k tomu, hádám, nikdy sloužit neměla. Flégr jen vzal nejjednodušší možný model epidemie (exponenciální průběh) a proložil přímku (na logaritmické škále) dostupnými daty.

Ano, Flégr to tak nezamýšlel, ani k tomu nebyl vyzván, ale jde spíše o to, jak to prezentoval. Ten podklad pro rozhodnutí beru spíš pro konstrast toho, co očekávám od predikce na rozdíl do teoretického modelu sloužícího k ověření hypotézy.

Opatření by měla být založena na podstatně propracovanějších modelech.

Měli přijít, ale nepřišli...

Exponenciální model platí zejména na začátku šíření v naivní homogenní populaci a tudíž je celkem nepřekvapivé, že dříve nebo později se začnou jeho předpovědi dosti lišit od reality (tzn. k žádnému překvapivému vyvrácení hypotézy nedochází).

S tím bych i souhlasil - že nedochází k vyvrácení vědekcé hypotézy, ale dochází k vyvrácení predikce jako predikce:(

Naprosto souhlasím s Faskalem, že při tom podcenil efekt opatření, která již byla uvedena v chod - nejspíš je považoval za nefunkční... Tohle samotné mu za zlé nemám, ale mám mu za zlé, že své vyjádření nekorigoval, když o týden později bylo jasné, že opatření mají efekt.

Mne by byhatě stzačilo, dkyby řekl, že je to vize bez efektivních opatření. Problém je,že jeho výroky vyzněly tak, že žádná opatření to nezmění až k té tisícovce mrtvých za den ("Ti budoucí mrtví jsou žu teď nemocní")...
S těmi následky souhlasím...
Jinak řečeno, i kdyby měla pravdu jeho vědecká hypotéza, tak mediální rpezentace byla matoucí a to je to, co fakt nepotřebujeme:(

Na druhou stranu, je pravda, že to byla jeho zájmová aktivita, ne úřednbí nebo jiná povinnsot, takže mu nelze úplně vyčítat...a je otázka, jak přesná data měl k dispozici...ono MZdr s tim taky dělá zbytečné okolky...

[Argonantus]

Flégr předpověděl perfektně trend, a ježto se jedná o nelineární vztah, tak malá odchylka jeho predikce dělá velikánský rozdíl.
Takže se lze dohadovat do soudného dne, zda předpověděl přesně (trend a počátek vývoje) nebo úplně špatně (konečnou hrubou sumu nakažených, mrtvých atd.)

Viz post shora, na který několik potrefených husí okamžitě zakejhalo, jakkoli jsem nikoho neoslovoval, protože myslím, že chyba postihuje očividně úplně všechny.
Ten, kdo od prvního postu bagatelizuje celou událost, si všiml, že Flégr předpověděl úplně špatně, ten, kdo ji má tendenci dramatizovat, tak ho obhajuje.

Dokonce i u Flégra v rozhovorech byla zjevná snaha "dokázat", že vláda je banda zločinců, která by patřila zavřít, v čele s Babišem. Což arci nemá s vědou nic společného, ale pro některé jeho závěry to byla velmi užitečná informace.

Jinak stav hodnotím jako překvapivě dobrý. Pokleslo číslo hospitalizovaných, což vzhledem k Faskalem vysvětlenému zpoždění je už jednoznačně dobrá zpráva, kterou lze jen těžko zpochybnit.

Navzdory tomu - věren svému skeptickému paradigmatu - stále věřím, že novináři jsou banda idiotů. Jejich kvílení po "rozvolňování" je jak neskutečně otravné, na úrovni dětského "už tam budem?", tak i dost nebezpečné, pokud to někdo vyslyší.

Odhad mrtvých mi asi vyjde lépe, než Flégrovi. Ale je to spíš náhoda a zbožné přání, než nějaký skvělý výpočet.