Covid-19

O lidech, o vztazích, o politice, o názorech, o opicích a o ufonech.

Moderátor: Faskal

Odpovědět
Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 9046
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal »

Fascinující, tak to vypadá, že dost možná našli, kde se SARS-CoV-2 vzal.

Dříve jsem tady ukazoval, jak je možné porovnáním sekvencí hledat podobnost genových sekvencí*. Typickým výsledkem jsou seřazené výsledky, kde nahoře jsou sekvence nejpodobnější té, kterou porovnáváte. Toto má ovšem jednu zásadní limitaci - vstupním předpokladem je, že hledáte souvislé kusy genetické informace. Co s tím může zamíchat, jsou různé přesuny a rekombinace, v takových případech je potřeba udělat analýzu pořádně a dívat se na sekvenci ne v celku, ale po kouscích.

SARS-CoV-2 mutuje relativně málo, ale je to z nouze ctnost. Protože je na poměry RNA virů extrémně velký, musí každé písmenko svého genetického kódu pečlivě zvážit, než jej zařadí a posune se k zařazení další pozice, protože to musí udělat mnohokrát. Pro nás je to výhoda, protože je méně schopný rychle mutovat konkrétní pozice.

Protože je ale příšerně velký, má v rukávu další trik, a to je genetická rekombinace. Při rekombinaci dojde k tomu, že dostatečně podobné úseky DNA si prohodí vlákna a oblast mezi tímto prohozením si vymění, případně se jedno z vláken přepíše podle předloženého, které se pak vrátí původní molekule. Pokud byla uvnitř prohozené části nějaká chyba, dojde k nahrazení za funkční variantu z dodaného vlákna.
Mimochodem, britská varianta si rozbila ORF8, který kóduje protein vyřazující vrozenou imunitu. ORF8 je ale v lidském systému v současné podobě zřejmě dost k ničemu, protože britská varianta nevykazuje nižší mortalitu při nakažení. Co se však může stát, je, že při superinfekci britské varianty s jinou variantou tohoto viru by mohlo dojít k rekombinaci, při které by si mohla britská varianta tento gen opravit. Jistě by bylo zajímavé zjistit, jaké vlastnosti by takový vir mohl mít. Pokud to chceme zjistit, promořování populace nám tu příležitost může dát.

Už jsem zmiňoval, že v otázce vzniku SARS-CoV-2 je zásadní nejasnost, a to je role luskounů. Ukazuje se, že nejbližší příbuzný SARS-CoV-2 je u netopýrů, další velmi příbuzný se ale vyskytuje u luskounů. Byla vznesena otázka, jakou roli v přenosu měli oni. Byl to přenos netopýr>luskoun>člověk? Byli luskouni paralelní linie? Že by to luskouni dostali od člověka, data nepodporovala.

Ve studii z minulého týdne** se ukázalo, že zřejmě došlo k rekombinaci mezi netopýří a luskouní variantou viru, která dala vzniku SARS-CoV-2. Majoritní část viru pochází od netopýrů, klíčová oblast v proteinu S byla ale získána rekombinací s virem, který koloval v luskounech. Ilustrativní je obrázek, který tam mají, přímočaré je hlavně (B), které ukazuje poměrně malou část, která neodpovídá netopýří variantě, ale odpovídá luskouní. Oblasti na proteinu S, které považujeme za nezbytné pro vazbu na virový receptor, 100% odpovídají právě luskouní variantě. O luskouních virech toho nicméně moc nevíme a ty viry, co máme v databázi, nejsou úplně přesně ten, který dodal klíčovou oblast receptor-vazebné domény proteinu S, ale je v této oblasti bližší než netopýří viry.

Obrázek

Fascinují na této studii je, že velmi, velmi pozorný čtenář RPGF na tohle mohl přijít také. Při podrobném pohledu na porovnání sekvencí je navzdory kompresi vidět, že v oblasti odpovídající receptor-vazebné doméně ta šmouha opravdu víc odpovídá luskounům.

Studie našla, že vnesená oblast začíná kolem pozice 22849 a končí kolem 23093. Když se podle instrukcí v mém původním postu vytvoří porovnání sekvencí znovu a zazoomuju na danou pozici, uvidím tohle:
Screenshot_2021-02-27 NCBI Multiple Sequence Alignment Viewer 1 19 2.png
Krátká oblast mezi určenou pozicí skutečně ukazuje výrazně vyšší rozdíly při porovnání se sekvencí netopýřího viru, a ta z luskounů je bližší. Nicméně, ta luskouní taky není přesně ona a bude záhodno blíže prozkoumat luskouní rýmu.

* https://rpgforum.cz/forum/viewtopic.php ... 57#p582857
** https://www.sciencedirect.com/science/a ... 303#ac0005

Edit:
tl;dr
Nahoře citovaná studie tvrdí, že rozlouskla dlouhodobou otázku ohledně původu SARS-CoV-2, tedy, jestli k nám přišel od netopýrů nebo od luskounů.
Studie dokládá, že došlo ke genetické rekombinaci, běžnému a přirozenému jevu, při kterém si dva příbuzné viry prohazují kusy genetické informace, mezi virem z netopýrů a luskounů.
V textu jsem to blíže nerozebíral, ale koronaviry jsou známé tím, že velmi běžně a ochotně rekombinují a je to jeden z důležitých tahounů jejich evoluce.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32275
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Vallun »

Jinými slovy se tedy potvrdil umělý původ viru, no potěš koště...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 9046
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal »

... říkal jsem si, že nebudu jízlivý a nebudu zmiňovat, že se nepotvrdily tebou zmiňované nesmysly, že je to uměle vytvořený virus, ve kterém jsou kusy HIV, (edit: měl jsem tam za čárkou "jak jsi dříve tvrdil", ale ona to tvrdila Peková a další blázni, které jsi odkazoval, a úplně jsem se zhrozil, co za debatu vyvřelo, když jsem ji tady dal hledat, tak jsem konkrétní citace dál nedohledával).

Co jsem napsal nepřesně?
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.
Uživatelský avatar
boubaque
bubák; Moderátor
Příspěvky: 6644
Registrován: 2. 10. 2006, 19:49
Bydliště: Brno/Ostrava
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od boubaque »

Vallun píše: 27. 2. 2021, 23:39 Jinými slovy se tedy potvrdil umělý původ viru, no potěš koště...
Ehm, cože?
Když se kácí les, lítají kopí — sv. Vojtěch
Bezejmenný hrdina (vlastnoruční komiks)
Hraju/vedu: D&D 5e, Svitky hrdinů, Příběhy Impéria
Další oblíbené hry: Primetime Adventures, Mountain Witch, Wushu
Vlastnoruční heartbreaker: Fossa (Fate to Old School System Adjustment)
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32275
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Vallun »

Když se zmiňovala luskouní teorie, v souvislosit s tím, že rok 2020 měl být právě rokem ochrany luskouna, tak se ta možnost vyloučila s tím, že jde o netopíří virus... V reakci na to pak tušim že Černý popisoval, jak se to má s těmi viry u luskounů a netopýru a z toho vyplývá, že taková rekombinace je v přírodě extrémně nepravděpodobná kvůli tomu, že takový vir by se musel "vrátit" na netopýry, přičemž obvyklá trasa je obráceně. Buď tedy nastal několikanásobný souběh nepravděpodobných okolností, nebo tomu někdo pomohl...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
MarkyParky
Příspěvky: 16381
Registrován: 11. 8. 2011, 02:37

Re: Covid-19

Příspěvek od MarkyParky »

Vallun: Upřímně - včera jsem tě chtěl kvůli výrokům o bezdomovcích ocitovat v depresáriu, ale nestihl jsem to a dneska jsi to zachránil - jasnější zařazení do bizáru těžko pohledat.

Nicméně děkuji za vytržení z myšlenkové bubliny, i to je prospěšné, být občas konfrontován s tím, co si lidi dokáží (vy)myslet faktům navzdory.
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32275
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Vallun »

Marky - s tím zzávěrem souhlasím, přesně stejný pocit mám z tvrzení, že je virus přírodního původu od Černého - když chtěl tvrdit, že je covid běžný netopíří virus, tak popsal jeho obvyklý výskyt v přírodě. Najednou se zjistí, že ten virus má trochu jiný charakter a na ten popis jeho výskytu máme zapomenout?
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
Ecthelion
Moderátor
Příspěvky: 12359
Registrován: 13. 7. 2004, 15:19
Bydliště: Brno/Rezno
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Ecthelion »

Vallun:
Obrázek

Mezitím na CNN.
Amíci už si toho taky všimli.
"Stay firm and die hard!" Colonel-Comissar Ibraim Gaunt, Tanith First-And-Only
Obrázek
Sosacek
Příspěvky: 25734
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: Covid-19

Příspěvek od Sosacek »

Ecthelion píše: 28. 2. 2021, 09:37 Vallun:
Obrázek
Obrázek
“And, for an instant, she stared directly into those soft blue eyes and knew, with an instinctive mammalian certainty, that the exceedingly rich were no longer even remotely human.”
― William Gibson, Count Zero
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32275
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Vallun »

Maďar k aktuální situaci

https://www.televizeseznam.cz/video/pro ... y-64138152

Mezitím se nám zbláznil předseda Senátu...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 18507
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Eleshar_Vermillion »

Faskal píše: 27. 2. 2021, 23:31 Fascinují na této studii je, že velmi, velmi pozorný čtenář RPGF na tohle mohl přijít také.
Takže jako chceš říci, že jsme debilové? :>;o) Mno zase když čtu, jak to vlákno pokračuje...
Ne croyez pas que les antisémites se méprennent tout à fait sur l'absurdité de ses réponses. Ils savent que leurs discours sont légers, contestables ; mais ils s'en amusent, c'est leur adversaire qui a le devoir d'user sérieusement des mots puisqu'il croit aux mots ; eux, ils ont le droit de jouer. Ils aiment même à jouer avec le discours car, en donnant des raisons bouffonnes, ils jettent le discrédit sur le sérieux de leur interlocuteur ; ils sont de mauvaise foi avec délices, car il s'agit pour eux, non pas de persuader par de bons arguments, mais d'intimider ou de désorienter. Si vous les pressez trop vivement, ils se ferment, ils vous signifient d'un mot superbe que le temps d'argumenter est passé.
Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 18507
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Eleshar_Vermillion »

Ecthelion píše: 28. 2. 2021, 09:37Mezitím na CNN.
Amíci už si toho taky všimli.
Brutální.
Ne croyez pas que les antisémites se méprennent tout à fait sur l'absurdité de ses réponses. Ils savent que leurs discours sont légers, contestables ; mais ils s'en amusent, c'est leur adversaire qui a le devoir d'user sérieusement des mots puisqu'il croit aux mots ; eux, ils ont le droit de jouer. Ils aiment même à jouer avec le discours car, en donnant des raisons bouffonnes, ils jettent le discrédit sur le sérieux de leur interlocuteur ; ils sont de mauvaise foi avec délices, car il s'agit pour eux, non pas de persuader par de bons arguments, mais d'intimider ou de désorienter. Si vous les pressez trop vivement, ils se ferment, ils vous signifient d'un mot superbe que le temps d'argumenter est passé.
Uživatelský avatar
Korhul
Příspěvky: 667
Registrován: 15. 3. 2006, 22:40
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Korhul »

Tak pokračuju s covid reportem. Vcera ustoupily teploty, ale zustala bolest hlavy a pridal se slaby kasel. Dnes v noci se mi ale teplota zase zvysila na +/- 37,5 C, dychaci cesty jakoby se potahly po cele sve delce hlenem a boleni hlavy se zvysilo, hlavne kdyz clovek odkaslava, je to dost neprijemne...
Moje RPG Laboratorium a k němu vlákno na fóru. Malý svět pro osobní potřebu. Třeba se bude něco hodit i někomu jinému.
Konfigurátor substancí a nástrah pro DrD II
Deníky pro DrD II podle revize pravidel
Obrázek Obrázek Baltazar Paprika, trpaslík, knihvazač
Never attribute to malice that which is adequately explained by stupidity
Uživatelský avatar
Jerson
Inženýr z Ocelového města
Příspěvky: 22593
Registrován: 11. 2. 2003, 16:39
Bydliště: České Budějovice
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od Jerson »

V téhle souvislosti mě (už dříve) napadlo - řešili jste s partnerkami či příbuznými, zda a jak by dali ve vašich netových bublinách vědět, kdyby se vám něco stalo a nemohli jste delší dobu psát? Nebo to berete tak, že kdo chce, ten má jiné kanály, jak se o vás dozvědět.
Uživatelský avatar
OnGe
malý zelený křečopažout
Příspěvky: 13205
Registrován: 5. 2. 2010, 09:27
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od OnGe »

Já to beru tak, že co nenapíšu, to se o mě nedozvíš. Takže když nemůžu delší dobu psát, tak to poznáš akorát podle toho, že delší dobu nic nenapíšu. Nicméně existují různé služby typu dead mans switch. Jinými slovy, pokud v určitém čase nedáš nějakým předem daným způsobem na vědomí, že jsi na živu, tak se spustí nějaká akce. Třeba rozešle ty dokumenty vnášející nové světlo do problematiky UFO, napíše na facebook, že když jsi dlouho neposlal selfíčko, protože jsi mrtvý, nezvěstný, nebo v komatu, pošle ženě číslo tajného účtu a jak se k němu dostat a tak. Podle mě to má dost omezené využití, protože tam nemůžeš dát věci, co nechceš aby se k někomu dostali v případě, že žiješ a jenom o tom nemůžeš dát vědět a současně tam nemůžeš nic moc vyřešit, protože ten switch prostě nepozná, co s tebou je, jenom že se neozýváš.
OnGe tu není, je tu jenom Zuul
Odpovědět

Zpět na „Realita a pseudorealita“

Kdo je online

Uživatelé prohlížející si toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 7 hostů