Covid-19

O nás, o lidech, o okolním světě. Všechna témata, která se netýkají her, patří do této sekce. Zapomeňme chvíli na RPG a pojďme předstírat, že jsme normální lidé.

Moderátor: Faskal

Odpovědět
Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 15611
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 4. 8. 2021, 14:38

Spíš Thanks Narendra...
Nazi lives don't matter!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
Sosacek
Příspěvky: 23564
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: Covid-19

Příspěvek od Sosacek » 4. 8. 2021, 17:04

Herd immunity mau be impossible, jo.

To je super ze lidstvo spacha kolektivni sebevrazdu virem, nez ji stihne spachat klimatickymi zmenami. Zaslouzime si to.
SOME OF THOSE THAT WORK FORCES WANT THE PASTE THAT'S FOR HORSES

Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 8767
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal » 4. 8. 2021, 21:10

Eleshar_Vermillion píše:
2. 8. 2021, 16:35
Taky je fajn, že z toho vyplývají ta různá procenta pro různé stupně ochrany. Co teda chápu, tak je dobré rozlišovat:

a) úplná ochrana před infekcí (člověk je viru vystaven, ale ten se v něm vůbec neusídlí a nezačne znatelné množit, a dotyčný jej proto nemůže šířit) - tohle číslo asi nemáme?
První číslo, na které jsem narazil, je ze dnešního preprintu*. Ve Velké Británii rozeslali náhodně vybraným lidem prosbu, aby přišli na test na Covid, kde se také zeptali, jestli byli očkovaní.

Vyšlo jim, že neočkovaní měli vyšší šanci být pozitivně testovaní, ochrana před infekcí jim vyšla 49 % procent, respektive 58 % když započítali jenom silně pozitivní výsledky, kde je jistota, že nejde o falešně pozitivní výsledky (práh Ct, viz můj předminulý příspěvek, 37 cyklů) a zároveň se jedná o silnější případy infekce. Jednoduše popsaný souhrn je v jejich tiskové zprávě**

Vzhledem k metodice získávání informací nemají přehled o tom, jak byl zastoupený mix různých vakcín.

Tahle efektivita není pro vznik stádní imunity dostatečná, takže se nedá očekávat, že by očkovaní dokázali ochránit neočkované čistě pomocí stádní imunity a bude potřeba přistoupit k dalším prostředkům jejich ochrany. Podle těchto dat holt budeme mít další sezónní koronavir, viz třeba ten HCoV-OC43: https://rpgforum.cz/forum/viewtopic.php ... 06#p577106

* https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream ... _final.pdf
** https://www.gov.uk/government/news/reac ... e-infected
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

LZJ
Příspěvky: 605
Registrován: 25. 8. 2004, 14:34
Bydliště: Doksy
Kontaktovat uživatele:

Re: Covid-19

Příspěvek od LZJ » 6. 8. 2021, 18:34

Eleshar_Vermillion píše:
15. 7. 2021, 09:41
Dá se někde zjistit, jakou máme reálnou celkovou imunisaci? Jakože ve smyslu lidi, kteří meli vakcínu nebo prodělali Covid. Když máme 5,3 milionu očkovaných a skoro 1,7 milionu lidí, kteří nějak doložitelně prodělali nákazu, tak máme něco mezi 5,3 miliony (všichni nakažení dostali vakcínu) až 7 miliony (nikdo z nakažených nedostal vakcínu) nějak imunisovaných lidí - ale k čemu je to spíš bližší?
Ještě je tu jedna neznámá, kolik lidí prodělalo covid bez otestování. Když v jedné verzi psa měli parametr, kolik lidí skončilo v nemocnici bez předchozího zjištěného covidu, tak to bylo kolem 45 %. Takže ještě cca 1,5 milionů dalších mohlo prodělat.
Proočkovanost prodělanců bych čekal podobnou jako u ostatních, tedy asi polovina. Ale za nějaký průzkum by to stálo.
Tady by mohlo pomoci, kdyby se uznávaly změřené protilátky, to by se aspoň část z takových utajených ukázala.

Uživatelský avatar
Sosacek
Příspěvky: 23564
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: Covid-19

Příspěvek od Sosacek » 6. 8. 2021, 22:09

Pomaha prodelana Alfa na Deltu?
SOME OF THOSE THAT WORK FORCES WANT THE PASTE THAT'S FOR HORSES

Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 8767
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal » 6. 8. 2021, 22:38

Určitě; ty varianty pořád ještě nejsou až tak odlišné. Pro předdeltové varianty účinnost ochrany po prodělání covidu známe*, delta imunitu částečně obchází, asi se dá očekávat, že delta očkování obchází podobně jako imunitu na původní varianty.

Zatím je otevřená otázka, jak bude vypadat srovnání prodělání nemoci a očkování. Očkování dobrými vakcínami(tm) poskytuje silnější ochranu, prodělání onemocnění ale poskytuje ochranu robustnější, což by byla výhoda za předpokladu, že se objeví varianta, která je v proteinu S dramaticky odlišná. Při takové eventualitě je nicméně možné připravit cílený booster.

* https://rpgforum.cz/forum/viewtopic.php ... 69#p620669
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Sosacek
Příspěvky: 23564
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: Covid-19

Příspěvek od Sosacek » 10. 8. 2021, 14:53

Faskale prosimte co je to za bullshit s tim spike protein sheddingem? Je mi jasny ze to je nejakej bizar ale netusis kde se to vzalo?
SOME OF THOSE THAT WORK FORCES WANT THE PASTE THAT'S FOR HORSES

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 15611
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 10. 8. 2021, 22:28

A hlavně jak se toho dá docílit, protože zatím to vypadá, že vakcínu, která toto umí, zoufale potřebujeme.
Nazi lives don't matter!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
Sosacek
Příspěvky: 23564
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: Covid-19

Příspěvek od Sosacek » 10. 8. 2021, 23:58

Nearly 9,000 people in Germany have to be vaccinated again after a nurse swapped vaccines for salt water
https://www.businessinsider.com/9000-pe ... ine-2021-8

Ty pico.
SOME OF THOSE THAT WORK FORCES WANT THE PASTE THAT'S FOR HORSES

Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 8767
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal » 12. 8. 2021, 22:43

Kde se to vzalo, moc netuším. Poprvé jsem to zaznamenal v tom brilantním úlovku od Komi. Tato teorie tvrdí, že naočkovaní produkují protein S a šíří jej do okolí. Většinou k tomu zastánci přidávají něco o tom, jak protein S moduluje menstruační cyklus.

Není to nijak zvlášť odražené v naší realitě; protein S je produkovaný při infekci SARS-CoV-2 a tehdy tyto vlastnosti nemá. Při očkování mRNA vakcínami se vkládá protein S, který je poměrně obyčejný, má dvojí mutaci, která mu neumožňuje přepnout z (imunologicky relevantní) prefúzní konformace, a vakcína je kodónově optimalizovaná. Genetický kód je tzv. degenerovaný, což znamená, že protein je možné zapsat více způsoby, a různé způsoby jsou u různých organizmů různě efektivně přepisovány, takhle byl spike upraven, aby se lidskými buňkami přepisoval efektivněji, výsledek je ale identický s tím původním.
Řada proteinů je buňkami produkována a posílána do těla, protein S má ale úsek, který jej cílí na membránu, takže zůstává kotvený na buňce, která jej vyprodukovala, a to jak v případě vakcíny, tak u virového proteinu S. V případě vakcinace mRNA vakcínami je navíc vnesená RNA poměrně nestabilní, předpokládá se, že v buňce vydrží den či dva (data jsem ale popravdě neviděl), zatímco vir vydrží týden a klidně i týdny.

Co existuje, je vaccine shedding. To je problém/feature oslabených vakcín, což je patogen, který ztratil schopnost vyvolat (vážnou) nemoc, ale stále je schopen se ještě množit a infikovat, a vyvolává imunitu i proti původnímu virulentnímu kmenu. V případě Covidu se o této vakcíně mluví už dlouho a několik se jich testuje, ale moc nepokročily. Tento typ vakcín není příliš populární, obtížně se vyvíjí a relativně obtížně i vyrábí a v principu není možné garantovat, že nezmutuje do původní podoby (stalo se do jisté míry u očkování na obrnu, třeba) a že nevyvolá chorobu i navzdory oslabení. Pokud jde o Covid, lákavé je, že by tento typ vakcíny mohl být efektivnější při boji proti samotnému šíření, moc nadějí tomu ale nedávám, imho bude mít budoucnost spíš booster proti variantám.

Každopádně, následující jsem napsal, když jsem už před nějakou dobou sepsal ten rant o tom, jestli je Covid-19 umělého původu nebo není (není) a nějak jsem se nedostal k tomu, abych to odeslal, teď je to ale zase relevantní.
...

Pro srovnání, takhle vypadají ukázkové argumenty pro možný původ viru z laboratoře:


V roce 1977 se rozšířil virus chřipky kmene H1N1, který podle řady vědců* není přírodního původu. Chřipková epidemie 1977-1978, takzvaná "Ruská chřipka", byla neobvykle mírná chřipková epidemie, která zasahovala prakticky výhradně lidi mladší 26 let. Zvláštností nového kmene bylo, že nebyl příbuzný virům, které tehdy kolovaly v přírodě, ale byl velmi příbuzný virům z konce padesátých let.

Článek popisuje tři hypotézy, jak se mohl virus příbuzný viru z padesátých let objevit v letech sedmdesátých.
Že by se jednalo o biologickou zbraň nepovažují za pravděpodobné, byť sovětský svaz v té době na chřipkovém viru téměř jistě pracoval.
Nejpravděpodobnější považují to vysvětlení, že se jednalo o živou oslabenou vakcínu proti chřipce. Jednak v té době probíhal intenzivní výzkum oslabených chřipkových vakcín a to včetně Sovětského svazu a v Číně, jednak roku 1976 proběhla epidemie jiného kmene H1N1, u kterého byly obavy, že by mohl mít pandemický potenciál. Článek cituje čínské informace, podle kterých bylo roku 1977 očkováno několik tisíc vojáků oslabenou vakcínou proti kmenu H1N1. Rané typy oslabených vakcín měly velmi často tendenci revertovat do původní nebezpečnější podoby. Podporou pro tuto hypotézu je skutečnost, že velká část kmenů (byť ne všechny) z roku 1977 byly teplotně citlivé, takže nebyly schopné se množit při zvýšených teplotách, což není u divokých kmenů chřipky ze zjevných důvodů běžné, je to ale běžné u oslabených vakcín a tato vlastnost často slouží jako známka oslabení viru.
Třetí hypotézu, únik z laboratoře při výzkumu, považuje za méně pravděpodobný než původ z vakcinace, protože nejsou doklady, že by se zrovna na tomto kmenu dělal nějaký výzkum.

Historicky bylo zvažováno, že byl virus někde v přírodě zmražený, případně, že se šířil bez mutací v nějakém zvířeti, první možnost není pravděpodobná a druhá neodpovídá naším znalostem evoluce chřipkových virů.

* https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4542197/

tl;dr
podle mě to vychází z obav z reálného problému, který ale hrozí pro typ vakcín, které se proti Covidu nepoužívají, který byl smotán dohromady s mysteriózním proteinem S, který s tím jinak nemá nic společného.
V historii existuje několik příkladů, kdy oslabené vakcíny (což je ten typ, co umí dělat shedding, tedy šířit se dál) dělaly problémy, například je dost možné, že (poměrně mírná) chřipková epidemie z roku 1977 vznikla právě jako oslabená vakcína.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 8767
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal » 16. 8. 2021, 23:19

Faskal píše:
12. 8. 2021, 22:43
Při očkování mRNA vakcínami se vkládá protein S, který je poměrně obyčejný, má dvojí mutaci, která mu neumožňuje přepnout z (imunologicky relevantní) prefúzní konformace...
Zmiňoval jsem to víckrát, ale zajímavou vychytávkou řady vakcín je uzamčení proteinu S v prefúzní konformaci. V klidové a imunologicky relevantní podobě je protein S relativně kompaktně složený, po kontaktu s receptorem a naštípnutím hostitelskými enzymy se struktura naprosto změní, často se to přirovnává k vystřelení natažené pružiny. Po změně konformace vyvolá protein S fúzi buněčné a virové membrány. Protein S pomalu samovolně a nezvratně kolabuje do post-fúzní konformace, obzvlášť bez dalších virových komponent, takže bez uzamčení do prefúzní konformace (např. AstraZeneca a Sputnik) není část proteinů S v relevantní konformaci a vakcína je pak méně účinná, než by mohla být. Uzamčení se dělá tak, že se vymění dvě klíčové aminokyseliny tak, aby se ty šroubovice nemohly narovnat.

Tento proces je u virů poměrně běžný, tři příklady jsou zde*:
Obrázek
Na obrázku jsou tři páry struktur, levý je před fúzí, pravý pro fúzi a jedná se o vir chřipky, respirační syncytiální virus (jeden z původců zápalu plic) a SARS-CoV-2. V případe SARS-CoV-2 je hezky vidět, jak dojde k naprosté změně konformace při tomto přepnutí, barevné kódování je u obou forem stejné, červená oblast je zanořená ve virové membráně. Ty světlejší oblasti v pravé formě odpadnou; některé části nejsou zobrazené, protože se je nepodařilo zaměřit (edit:oprava popisu). Zajímavé jsou také ty cukerné zbytky zobrazené černou barvou, co ze struktury trčí, předpokládá se, že jejich přestavení do post-fúzní konformace zakryje místa, která by jinak mohly být rozpoznávány imunitou.

Off-topic; co se člověk nedoví při hledání ilustračního obrázku, mihule mají protilátkám podobné proteiny, které ale nemají imunoglobulinové domény typické pro protilátky, a místo nich jsou variabilní repetice bohaté na lyzin. To mi doteď zatajili nebo jsem nedával na přednáškách pozor. No, a ty repetice jsou podobné těm z toll-like receptorů, které používá naše vrozená imunita, což z toho dělá slepou vývojovou větev propojení vrozené a adaptivní imunity (designem, byť možná ne implementací). Fascinující.

* https://www.jbc.org/article/S0021-9258( ... 4/fulltext

tl;dr
Protein S ze SARS-CoV-2 se v průběhu infekce přeskládá jako origami, jenom v původní podobně může být efektivně rozeznáván imunitou; některé vakcíny vnáší modifikovaný protein S, který se přeskládat nedokáže.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 8767
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Faskal » 19. 8. 2021, 14:09

Ještě k předchozímu, existují na to fascinující modely*

Obrázek
Tohle je model toho, jak se molekuly na membráně SARS-CoV-2 chovají. Šedě se mrcasí fosfolipidy membrány, červeně a žlutě jsou imunologicky nepříliš zajímavé proteiny E a M. Zajímavější tyrkysové proteiny S dělají kolem viru "koronu", která dala této skupině virů jméno. Protein S má dvě domény, spodní S1 a horní S2. Ve spodní se vyskytují tři místa, kde se může tento protein snadno ohýbat a uděluje tomuto proteinu pohyblivost, kterou vidíme. Na špišce proteinu S je vidět, jak "překlikává" mezi otevřenou a uzavřenou konformací a ta část, která tohle dělá, je receptor-vazebná doména, která jednak váže receptor, jednak je to jeden z hlavních cílů imunity. Všechny proteiny S jsou tady v prefúzní konformaci a z toho přecvakávání je hezky vidět, že jsou to homotrimery, jsou tvořeny ze tří identických řetězců, které jsou smotané kolem sebe.

Obrázek
Takhle vypadá protein S při bližším pohledu, obrázek ukazuje, kde se vyskytují domény (to jsou v biochemii oblasti proteinu, které vytváří nějakou rozlišitelnou podčást) a kde jsou ty tři místa, kde se může protein snadno ohýbat. Zlatou jsou cukerné zbytky, které virus chrání před protilátkami, ovšem nedokonale, například zrovna receptor-vazebná doména je odkrytá.

Obrázek
Zde je ilustrace toho uvolnění "napjaté pružiny", protein S se zachytí za receptor, doména S2 se následně odštěpí, S1 změní konformaci, protáhne se a zanoří se do membrány infikované buňky.

Obrázek
Tato ilustrace ukazuje samotnou fúzi, která je vyvolaná tím, jak se rozmotaný protein S částečně složí zpět, čímž přitáhne dvě membrány k sobě, aby zfúzovaly. Celý proces fúze je energeticky výhodný, ale má vysokou energetickou bariéru, která musí být překonána, aby proběhl, a to zajišťují právě konformační změny proteinu S.


* https://www.nature.com/articles/d41586-021-02039-y
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 15611
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: Covid-19

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 19. 8. 2021, 22:18

Jak ta mrdka těma svýma zelenýma pazourama mává... :>:o/
Nazi lives don't matter!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
komi
Příspěvky: 461
Registrován: 17. 8. 2012, 19:07

Re: Covid-19

Příspěvek od komi » 21. 8. 2021, 12:11

Faskal: Krásné, díky!

Eleshar: Nerada tady opravuju jasykospytce, ale mrdka lidi vytváří, tohle lidi zabíjí, což je přesný opak. Takže lepší označení by bylo: Antimrdka.

MarkyParky
Příspěvky: 11680
Registrován: 11. 8. 2011, 02:37

Re: Covid-19

Příspěvek od MarkyParky » 21. 8. 2021, 14:22

Jenže tohle bohužel není antimrdka, protože to zabíjí zejména lidi v postreprodukčním věku.

Což mimo jiné znamená, že nám proti téhle potvoře nepomůže s adaptací Darwin. Pokud teda senioři nejsou nějak zásadním hybatelem reprodukce.*

Možná jsou? Přinejmenším starší maminky neustále otravují své dospělé děti otázkou: "Kdy už budu mít vnoučata?" což jakýs takýs selektivní tlak vytváří. Ale asi ne moc silný.

Odpovědět

Zpět na „Rozličný pokec“

Kdo je online

Uživatelé prohlížející si toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 6 hostů