od Faskal » 20. 1. 2021, 23:36
Tak nějaké preprinty o úniku nových mutant SARS-CoV-2 imunitě. V prvním* ... osm týdnů po očkování mRNA vakcínou od Pfizeru nebo od Moderny byly dobrovolníkům odebrány vzorky séra a testována přítomnost paměťových B-buněk zajišťujících dlouhodobou produkci protilátek. Zjistili, že očkování vyvolává obdobnou reakci jako přirozené vystavení viru. Pak testovali schopnost tohoto očkování odrážet britskou mutaci SARS-CoV-2 a zjistili, že mutace přítomné v tomto viru málo, ale statisticky signifikantně, snižují ochranu, které očkování poskytuje.
Očkování dle očekávání primárně vyvolávalo protilátkovou odpověď založenou na IgG, u které se očekává, že bude chránit před těžkým průběhem choroby, ale nechrání významně na sliznicích, tedy před samotnou infekcí. Protilátky, které chrání na sliznicích, IgA a IgM, se také vyskytovaly, ale v menším množství (předpokládám, že postupně vymizí. Zřejmě je může zastoupit T-buněčná imunita, ta ale zkoumána nebyla). Mezi oběma vakcínami z pohledu protilátkové odpovědi není statisticky signifikantní rozdíl.
Mimochodem, mapují tam vazbu protilátky na S-protein pomocí
cryo-EM, ta metoda fakt jede.
Druhý preprint** se zaměřuje na jihoafrickou a brazilskou variantu, na novinkách jej uvedli s tím, že jihoafrická varianta dokáže obejít imunitu.
Víc než devadesát procent neutralizační aktivity protilátek je vysvětlitelných protilátkami proti doméně S-proteinu zodpovědné za vazbu receptoru. To dává smysl, protože vyvázáním této domény se virus neutralizuje, zároveň to znamená, že tato oblast je významně imunogenní a imunitní systém na tento cíl míří preferenčně. Díky tomu je tato oblast viru pod značným evolučním tlakem.
Tento článek popisuje tvorbu prakticky všech možných jednobodových záměn v receptor-vazebné doméně, kterou virus může v rámci své evoluce prozkoumat. Většinou žádná izolovaná mutace neměla dramatický efekt, výraznou výjimkou byla mutace E484K sdílená variantami z Jižní Afriky a Brazílie. Mutace N501 zvyšující schopnost britské varianty se šířit schopnost odolávat protilátkám sama o sobě neovlivňuje.
Odpověď pacientů proti virům je značně variabilní. Mutace v E484 snižuje schopnost neutralizovat vir u některých jedinců více než desetkrát, u některých ale díky variabilitě v imunitním systému prakticky nemá efekt. Při pohledu na vývoj v čase jsou někteří jedinci schopni na mutovaný vir zareagovat tvorbou protilátek proti novým cílům, většina se drží odzkoušeného (a méně funkčního) setu protilátek.
V diskuzi zmiňují, že chřipka je schopná tak snadno vytvářet nové varianty proto, že protilátky cílí proti velmi omezenému cíli a pokud ten zamutuje, objeví se nový kmen, zatímco třeba takové spalničky vyvolávají odpověď proti více cílům najednou, takže nejsou schopny vytvářet nové kmeny. SARS-CoV-2 je v tomto ohledu komplikovaný, protože u některých jedinců se imunita chová z pohledu robustnosti odpovědi podobným způsobem jako u chřipky, u jiných jako u spalniček, a zatím není moc zřejmé, proč tomu tak u různých jedinců je.
Holt koronaviry mutují na poměry RNA virů velice pomalu, ale máme promořený svět natolik, že virus dokáže díky tomu prozkoumávat i vzácnější možnosti. Žádná z mutací nedokáže existující imunitu plně obejít a variabilita v odpovědi různých lidí bude virus nadále brzdit, bude ale potřeba se soustředit na vakcinaci, která vyvolá imunitu proti viru bez toho, aby dala viru příležitost mutovat.
Ten člověk, co sliboval naměřit data k této problematice krátce po Vánocích, tak skutečně udělal; právě to vydal v ucelené podobě jako preprint***, už to ale dneska číst nezvládám.
*
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf
**
https://doi.org/10.1101/2020.12.31.425021
***
https://www.medrxiv.org/content/10.1101 ... le-metrics
tl;dr
Britská mutace SARS-CoV-2 se rychleji šíří, imunita vytvořená proti původní variantě nebo očkování ale zůstává víceméně zachovaná, byť je o něco málo oslabená, což však zřejmě není klinicky významné. Jihoafrická a brazilská mutace však zřejmě u některých lidí dokáže vyvolat znatelnou rezistenci proti dříve vzniklé imunitě.
Plyne z toho, že je potřeba rozjet očkování co nejdříve a eventuálně bude nutné vakcínu updatovat, což naštěstí bude u RNA vakcín poměrně jednoduché.
Tak nějaké preprinty o úniku nových mutant SARS-CoV-2 imunitě. V prvním* ... osm týdnů po očkování mRNA vakcínou od Pfizeru nebo od Moderny byly dobrovolníkům odebrány vzorky séra a testována přítomnost paměťových B-buněk zajišťujících dlouhodobou produkci protilátek. Zjistili, že očkování vyvolává obdobnou reakci jako přirozené vystavení viru. Pak testovali schopnost tohoto očkování odrážet britskou mutaci SARS-CoV-2 a zjistili, že mutace přítomné v tomto viru málo, ale statisticky signifikantně, snižují ochranu, které očkování poskytuje.
Očkování dle očekávání primárně vyvolávalo protilátkovou odpověď založenou na IgG, u které se očekává, že bude chránit před těžkým průběhem choroby, ale nechrání významně na sliznicích, tedy před samotnou infekcí. Protilátky, které chrání na sliznicích, IgA a IgM, se také vyskytovaly, ale v menším množství (předpokládám, že postupně vymizí. Zřejmě je může zastoupit T-buněčná imunita, ta ale zkoumána nebyla). Mezi oběma vakcínami z pohledu protilátkové odpovědi není statisticky signifikantní rozdíl.
Mimochodem, mapují tam vazbu protilátky na S-protein pomocí [url=https://en.wikipedia.org/wiki/Cryogenic_electron_microscopy] cryo-EM[/url], ta metoda fakt jede.
Druhý preprint** se zaměřuje na jihoafrickou a brazilskou variantu, na novinkách jej uvedli s tím, že jihoafrická varianta dokáže obejít imunitu.
Víc než devadesát procent neutralizační aktivity protilátek je vysvětlitelných protilátkami proti doméně S-proteinu zodpovědné za vazbu receptoru. To dává smysl, protože vyvázáním této domény se virus neutralizuje, zároveň to znamená, že tato oblast je významně imunogenní a imunitní systém na tento cíl míří preferenčně. Díky tomu je tato oblast viru pod značným evolučním tlakem.
Tento článek popisuje tvorbu prakticky všech možných jednobodových záměn v receptor-vazebné doméně, kterou virus může v rámci své evoluce prozkoumat. Většinou žádná izolovaná mutace neměla dramatický efekt, výraznou výjimkou byla mutace E484K sdílená variantami z Jižní Afriky a Brazílie. Mutace N501 zvyšující schopnost britské varianty se šířit schopnost odolávat protilátkám sama o sobě neovlivňuje.
Odpověď pacientů proti virům je značně variabilní. Mutace v E484 snižuje schopnost neutralizovat vir u některých jedinců více než desetkrát, u některých ale díky variabilitě v imunitním systému prakticky nemá efekt. Při pohledu na vývoj v čase jsou někteří jedinci schopni na mutovaný vir zareagovat tvorbou protilátek proti novým cílům, většina se drží odzkoušeného (a méně funkčního) setu protilátek.
V diskuzi zmiňují, že chřipka je schopná tak snadno vytvářet nové varianty proto, že protilátky cílí proti velmi omezenému cíli a pokud ten zamutuje, objeví se nový kmen, zatímco třeba takové spalničky vyvolávají odpověď proti více cílům najednou, takže nejsou schopny vytvářet nové kmeny. SARS-CoV-2 je v tomto ohledu komplikovaný, protože u některých jedinců se imunita chová z pohledu robustnosti odpovědi podobným způsobem jako u chřipky, u jiných jako u spalniček, a zatím není moc zřejmé, proč tomu tak u různých jedinců je.
Holt koronaviry mutují na poměry RNA virů velice pomalu, ale máme promořený svět natolik, že virus dokáže díky tomu prozkoumávat i vzácnější možnosti. Žádná z mutací nedokáže existující imunitu plně obejít a variabilita v odpovědi různých lidí bude virus nadále brzdit, bude ale potřeba se soustředit na vakcinaci, která vyvolá imunitu proti viru bez toho, aby dala viru příležitost mutovat.
Ten člověk, co sliboval naměřit data k této problematice krátce po Vánocích, tak skutečně udělal; právě to vydal v ucelené podobě jako preprint***, už to ale dneska číst nezvládám.
* https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.15.426911v1.full.pdf
** https://doi.org/10.1101/2020.12.31.425021
*** https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.19.21249840v1.article-metrics
tl;dr
Britská mutace SARS-CoV-2 se rychleji šíří, imunita vytvořená proti původní variantě nebo očkování ale zůstává víceméně zachovaná, byť je o něco málo oslabená, což však zřejmě není klinicky významné. Jihoafrická a brazilská mutace však zřejmě u některých lidí dokáže vyvolat znatelnou rezistenci proti dříve vzniklé imunitě.
Plyne z toho, že je potřeba rozjet očkování co nejdříve a eventuálně bude nutné vakcínu updatovat, což naštěstí bude u RNA vakcín poměrně jednoduché.